电影《圣杯神器：骸骨之城》带领观众进入了一个神秘而充满危险的世界。主人公克拉蕾·弗瑞（莉莉·科林斯饰演）是一名普通的布鲁克林高中生，生活看似平凡。然而，一次夜店事件改变了她的生活轨迹。她目睹了一起谋杀案，而她的朋友西蒙·刘易斯（罗伯特·席安饰演）却视而不见。

在那个夜晚，克拉蕾遇到了影子猎人杰斯·维兰德（杰米·坎贝尔·鲍尔饰演），一个属于神秘世界的成员，他的存在深深吸引了克拉蕾。然而，不久之后，克拉蕾的母亲乔丝琳（琳娜·海蒂饰演）被人绑架，绑架者瓦伦蒂洛（乔纳森·莱斯·梅耶斯饰演）寻找名为圣杯的物品。

克拉蕾通过杰斯认识了整个影子猎人家族，并获得了他们的帮助，一起前往营救乔丝琳。在这个过程中，克拉蕾逐渐揭示了自己身世的真相，她原来是一名影子猎人，拥有半天使、半人类的混血血统，以及超乎寻常的战斗技能。这个发现令她震惊不已，因为她发现自己与杰斯、埃里克、伊莎贝尔等人有着相同的血脉关系。